מאגרי המים נמצאים בחשיפה גבוהה לזיהום רב וללכלוכים החודרים למאגרים שלהם.
חיטוי מאגר המים והתמדה בניקוי מחיידקים ולכלוכים נדרשים בכל הבניינים בהם מותקן מאגר מים.
תקנות משרד הבריאות (תקן ישראלי 1525) מציינים כי מאגר המים המשמש לפעילות של כיבוי אש ולשתיה מחוייבים בחיטוי ובניקוי פעם בשנה.